Kết luận phiên họp Ban chỉ đạo đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Thủ tướng yêu cầu không tổ chức các vụ, cục phía Nam; nếu lập phòng trong vụ phải đáp ứng đủ tiêu chí theo quy định.
Hiện nay, nhiều bộ, ngành vẫn duy trì hai đơn vị là Vụ Tổ chức cán bộ và Thi đua khen thưởng. Vụ Tổ chức cán bộ có chức năng tham mưu quản lý về bộ máy, biên chế, cán bộ, công chức, viên chức, người lao động; đào tạo, bồi dưỡng cán bộ. Vụ Thi đua khen thưởng tham mưu về công tác thi đua, khen thưởng.
Theo Ban chỉ đạo, các bộ ngành phải đẩy mạnh phân cấp, phân quyền, thực hiện nguyên tắc một cơ quan đảm nhiệm nhiều việc; một việc chỉ giao một cơ quan chủ trì và chịu trách nhiệm chính.
Bên cạnh đó, việc sắp xếp, kiện toàn cơ cấu tổ chức các đơn vị phải bám sát tiêu chí do Chính phủ quy định. Cụ thể, nếu lập Tổng cục phải quản lý nhà nước về chuyên ngành, lĩnh vực lớn, phức tạp, quan trọng với phát triển kinh tế - xã hội; chuyên ngành, lĩnh vực cần quản lý tập trung, thống nhất ở trung ương, trường hợp đặc biệt do Chính phủ quyết định...
Các Cục phải đáp ứng tiêu chí quản lý chuyên ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của các bộ; được phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng để quyết định các vấn đề thuộc phạm vi quản lý; khối lượng công việc yêu cầu phải bố trí từ 30 biên chế công chức trở lên.
Các Vụ phải có chức năng, nhiệm vụ tham mưu về quản lý nhà nước; có phạm vi, diện quản lý theo ngành, lĩnh vực; khối lượng công việc yêu cầu bố trí từ 15 biên chế công chức trở lên.
Đầu tháng 3, Thủ tướng ký công điện gửi các bộ, ngành, địa phương về việc sắp xếp tổ chức hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập. Lãnh đạo Chính phủ yêu cầu các bộ, ngành, khẩn trương rà soát và đẩy mạnh sắp xếp, tinh gọn đầu mối tổ chức bộ máy, theo Thông báo của Ban Chỉ đạo Đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ.
Sau khi thẩm định dự thảo nghị định của các Bộ, Bộ Nội vụ đề nghị Bộ Y tế hợp nhất Cục Y tế dự phòng với Cục Phòng, chống HIV/AIDS; thống nhất đề xuất của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, tổ chức lại bốn tổng cục: Tổng cục Lâm nghiệp thành hai cục Lâm nghiệp và Kiểm lâm; Tổng cục Thủy sản thành hai cục Thủy sản và Kiểm ngư; Tổng cục Thủy lợi thành Cục Thủy lợi; Tổng cục Phòng, chống thiên tai thành Cục Phòng, chống thiên tai.